一种内河复杂水域水下地形测量系统,包括:无人机系统、小型测深仪和地面站系统,小型测深仪与无人机系统下部连接,地面站系统与无人机系统连接。其中,无人机系统包括:无人机、高压电池模块、GNSS模块、自稳云台、飞控模块和数据传输模块。本发明与传统技术相比,通过增设无人机系统,以无人机作为载体,自动化遥控无人机飞抵测点,自动降高至测深仪换能器没入水中10~20cm,通过无人机数据传输模块,将无人机位置及测深信息返回至地面站系统,全程自动化实施水下地形测量,且测量数据可无线实时回传至地面站,无需人工涉水测量,安全风险低,作业效率高。