本实用新型公开了一种杀灭流体介质中军团菌的装置,包括安装于流体介质输送管道上的被处理介质储存器、用于改变和检测被处理介质物理场参数的物理场发生器和物理场参数检测器、安装于被处理介质储存器流入和流出管道上的介质流入执行器和介质流出执行器以及中央控制器,中央控制器分别与物理场发生器、物理场参数检测器、介质流入执行器和介质流出执行器通讯连接。本实用新型通过物理场参数检测器的检测和反馈,并通过中央控制器的自动控制,实现在线对被处理介质的物理场参数进行调节,改变军团菌在被处理介质中的生存和繁殖环境,实现了100%杀灭流体介质中军团菌,无次生污染排放并且实现了自动化操作。